目前電子檔案保存實驗室提供光碟實體銷毀、硬碟覆寫、硬碟及磁帶消磁等儲存媒體銷毀服務，其實務做法如下：
(1)儲存媒體仍有持續使用必要者
A.消除電子檔：就硬碟機、隨身碟、軟碟片等儲存媒體，可採用專業軟體(如Eraser、File Shredder、CBL Data Shredder等檔案銷毀軟體)多次覆寫，將電子檔案完全消除且無法回復。
B.重新格式化：就硬碟機、隨身碟、軟碟片、磁帶等儲存媒體，可利用作業系統公用程式或備份軟體執行完整格式化指令，將電子檔案完全清除。
(2)儲存媒體已不復使用者
A.消磁：就硬碟機、軟碟片、磁帶等磁性儲存媒體，可採用高頻消磁機，去除磁性媒體之磁性，確保磁性資料無法留存。
B.焚化：就軟碟片、磁帶、光碟片等可焚毀之媒體，送至焚化爐焚毀，使電子檔案無法復原與閱讀。
C.擊碎至檔案內容無法辨識：對電子檔案儲存媒體採強力敲毀，或採用媒體切碎機，對實體加以切成碎片，使媒體無法回復原狀。
D.其他足以完全消除或毀滅檔案內容之方法：如化學溶劑將電子檔案儲存媒體完全溶化或將磁帶剪成碎片等。
資料來源：電子檔案保存實驗室-知識平台
https://pearl.archives.gov.tw/Publish.aspx?cnid=75&p=2100